La bocca, come tutte le cavità biologiche è abitata da numerose specie di microorganismi, soprattutto batteri. Anche la più accurata igiene orale non sarebbe in grado di eliminarli completamente. Ma è importante che essi vivano in un buon equilibrio ambientale, con prevalenza di batteri "buoni" (cosiddetti saprofiti).
Una cattiva igiene orale invece provoca l'eccessivo accumulo di microorganismi e residui alimentari, con la conseguente prevalenza di batteri "cattivi" (cosiddetti patogeni), in grado di danneggiare i tessuti duri del dente e i suoi tessuti di sostegno, ossia gengiva e osso.
L'igiene orale professionale e la profilassi hanno lo scopo di ottimizzare le condizioni orali: abbattere drasticamente la carica batterica, attraverso l'eliminazione della placca e del tartaro, e prevenire la formazione della carie, delle gengiviti e delle parodontiti.